Merge remote-tracking branch 'origin/main' into simpler_threads

.vscode/extensions.json

@@ -8,6 +8,7 @@
         "usernamehw.errorlens",
         "ms-python.debugpy",
         "ms-python.vscode-pylance",
-        "james-yu.latex-workshop"
+        "james-yu.latex-workshop",
+        "github.copilot-chat"
     ]
 }

code/richardson_mpi.py

@@ -0,0 +1,147 @@
+from mpi4py import MPI
+import numpy as np
+import time
+
+def richardson_parallel(A, b, lambda_min, lambda_max, tol=1e-5, max_iter=10000):
+    comm = MPI.COMM_WORLD
+    rank = comm.Get_rank()
+    size = comm.Get_size()
+
+    # Rozmiar macierzy A
+    n = A.shape[0]
+
+    # Obliczanie wartości własnych tylko na jednym procesie
+    if rank == 0:
+        # eigenvalues = np.linalg.eigvals(A)
+        # lambda_min = np.min(eigenvalues)
+        # lambda_max = np.max(eigenvalues)
+        omega = 2 / (lambda_min + lambda_max)
+    else:
+        omega = None
+
+    # Rozgłoszenie omega do wszystkich procesów
+    omega = comm.bcast(omega, root=0)
+
+    # Inicjalizacja wektora rozwiązania jako float64
+    x = np.zeros_like(b, dtype=np.float64)
+
+    # Dzielimy pracę między procesy
+    local_rows = n // size
+    start_row = rank * local_rows
+    end_row = start_row + local_rows if rank != size - 1 else n
+
+    # Przydzielenie lokalnych porcji A i b
+    local_A = A[start_row:end_row, :]
+    local_b = b[start_row:end_row]
+
+    # Lokalny wektor residuum
+    local_r = np.zeros_like(local_b, dtype=np.float64)
+
+    # Globalny wektor residuum (pełny rozmiar b)
+    global_r = np.zeros_like(b, dtype=np.float64)
+
+    start_time = time.time()
+
+    for i in range(max_iter):
+        # Oblicz lokalny residuum r = b - A @ x
+        local_r[:] = local_b - np.dot(local_A, x)
+
+        # Tworzymy tymczasowy wektor o pełnym rozmiarze i kopiujemy lokalne dane
+        temp_r = np.zeros_like(b, dtype=np.float64)
+        temp_r[start_row:end_row] = local_r
+
+        # Sumujemy lokalne residuum przez wszystkie procesy
+        comm.Allreduce(temp_r, global_r, op=MPI.SUM)
+
+        # Aktualizujemy x równolegle na wszystkich procesach
+        x += omega * global_r
+
+        # Sprawdzamy warunek stopu (norma residuum)
+        if np.linalg.norm(global_r) < tol:
+            break
+
+    end_time = time.time()
+
+    execution_time = end_time - start_time
+
+    return x, execution_time
+
+
+
+def check_solution(A, b, x_approx, tolerance=8e-3):
+    x_true = np.linalg.solve(A, b)
+    error = np.linalg.norm(x_true - x_approx)
+    return error < tolerance, error
+
+if __name__ == "__main__":
+    comm = MPI.COMM_WORLD
+    rank = comm.Get_rank()
+
+    from matrix_generator import MatrixGenerator
+    sizes = [2, 5, 10, 50, 80, 100, 300, 500, 750, 1000, 5000, 10000]
+    for i in sizes:
+        if rank == 0:
+            A, b, lambda_min, lambda_max = MatrixGenerator.generate_matrix_and_vector('spd', size=i)
+        else:
+            A = None
+            b = None
+            lambda_min = None
+            lambda_max = None
+
+        A = comm.bcast(A, root=0)
+        b = comm.bcast(b, root=0)
+
+        # Rozwiązanie przy użyciu zrównoleglonej metody Richardsona
+        x, time_taken = richardson_parallel(A, b, lambda_min, lambda_max)
+
+        # Sprawdzanie poprawności rozwiązania (na procesie 0)
+        if rank == 0:
+            print(f"Spd matrix with size {i}")
+            is_correct, error = check_solution(A, b, x)
+            print("Czas wykonania [s]:", time_taken)
+            print("Czy rozwiązanie jest poprawne:", "Tak" if is_correct else "Nie")
+            print("Błąd rozwiązania:", error)
+
+    if rank == 0:
+        A, b, lambda_min, lambda_max = MatrixGenerator.generate_matrix_and_vector('nemeth12')
+    else:
+        A = None
+        b = None
+        lambda_min = None
+        lambda_max = None
+
+    A = comm.bcast(A, root=0)
+    b = comm.bcast(b, root=0)
+
+    # Rozwiązanie przy użyciu zrównoleglonej metody Richardsona
+    x, time_taken = richardson_parallel(A, b, lambda_min, lambda_max)
+
+    # Sprawdzanie poprawności rozwiązania (na procesie 0)
+    if rank == 0:
+        print(f"Nemeth12 matrix")
+        is_correct, error = check_solution(A, b, x)
+        print("Czas wykonania [s]:", time_taken)
+        print("Czy rozwiązanie jest poprawne:", "Tak" if is_correct else "Nie")
+        print("Błąd rozwiązania:", error)
+
+    if rank == 0:
+        A, b, lambda_min, lambda_max = MatrixGenerator.generate_matrix_and_vector('poli3')
+    else:
+        A = None
+        b = None
+        lambda_min = None
+        lambda_max = None
+
+    A = comm.bcast(A, root=0)
+    b = comm.bcast(b, root=0)
+
+    # Rozwiązanie przy użyciu zrównoleglonej metody Richardsona
+    x, time_taken = richardson_parallel(A, b, lambda_min, lambda_max)
+
+    # Sprawdzanie poprawności rozwiązania (na procesie 0)
+    if rank == 0:
+        print(f"Poli3 matrix")
+        is_correct, error = check_solution(A, b, x)
+        print("Czas wykonania [s]:", time_taken)
+        print("Czy rozwiązanie jest poprawne:", "Tak" if is_correct else "Nie")
+        print("Błąd rozwiązania:", error)

report/first_part/main.tex

@@ -29,7 +29,7 @@
 }
 
 \title{Rozwiązanie układu równań liniowych iteracyjną metodą Richardsona \\ 
-        Sprawozdanie, Etap I}
+        Sprawozdanie, Etap II}
 \author{Kacper Górka, Krzysztof Rudnicki, Aleksandra Sobala}
 \begin{document}
 \maketitle
@@ -131,6 +131,10 @@ części pracy do wykonania.
 Zalety wykorzystania wątków to przede wszystkim szybki czas tworzenia i niszczenia wątków przez system operacyjny w porównaniu do procesów. 
 Co więcej mają one dostęp do całej przestrzeni adresowej programu, co oszczędza niepotrzebne kopiowanie danych. Jedynie ich własny stos jest prywatny. 
 
+\paragraph{ChatGPT}
+Po konsultacjach z prowadzącym użyliśmy chata-gpta do wygenerowania kodu dla wątków, rozwiązanie chata po kilku (ludzkich) poprawkach zadziałało ale jego dokładność była niesatysfakcjonująca,
+nie spełniała wymogów naszych testów
+
 \subsection{Tablice rozproszone}
 Tablice rozproszone dzielą macierz i przypisują każdą z jej części do konkretnego procesora. 
 Procesory wykonują obliczenia na danych przechowywanych w ich lokalnej pamięci, co minimalizuje konieczność przesyłania danych pomiędzy węzłami. \\ 
@@ -143,27 +147,67 @@ Wszystkie podstawowe funkcje wykorzystywane w Richardsonie zostały zrównoleglo
 \item Elementy tablicy należy dobrze zbalansować aby procesory były równo obciążone
 \end{itemize}
 
+\subsection{MPI}
+Metoda zrównoleglenia przy użyciu MPI (Message Passing Interface) zrównolegla obliczenia na wielu procesorach
+\subsubsection{Podział pracy}
+\paragraph{Rozdzielenie macierzy i wektora}
+Macierz A i wektor b są dzielone na części, które każdy procesor przetwarza indywidualnie. Każdy proces obsługuje określony zakres wierszy macierzy A i odpowiadającą im część wektora b.
+\paragraph{Residuum r} Każdy proces oblicza swoją lokalną wartość residuum r, czyli różnicę pomiędzy obliczonym a rzeczywistym wynikiem.
+
+\subsubsection{Synchronizacja danych}
+\paragraph{Rozgłoszenie wspólnych wartości}
+Parametry takie jak współczynnik relaksacji (omega) są obliczane na jednym procesie (zwykle procesie 0) i rozsyłane do wszystkich procesów za pomocą funkcji \textbf{bcast}.
+
+\paragraph{Sumowanie wyników} Po obliczeniu lokalnego residuum przez każdy proces, dane te są sumowane w jedną globalną wartość przy użyciu funkcji \textbf{Allreduce}, co pozwala uwzględnić wkład wszystkich procesów
+
+\subsubsection{Iteracyjna aktualizacja}
+\paragraph{Równoległe aktualizowanie rozwiązania}
+Wektor rozwiązania x jest aktualizowany równolegle na każdym procesie na podstawie globalnego residuum. Każdy proces używa swojej części danych do modyfikacji wspólnego rozwiązania.
+
+\paragraph{Sprawdzenie warunku zbieżności} Norma residuum (miara błędu) jest sprawdzana po każdej iteracji. Gdy osiągnie tolerancję, algorytm przerywa dalsze obliczenia.
+
+
+\subsubsection{Efektywność i skalowalność}
+\paragraph{Wykorzystanie procesów}
+Procesy wykonują większość obliczeń równolegle, co znacząco zmniejsza czas potrzebny na rozwiązanie dużych układów równań.
+
+\paragraph{Minimalizacja komunikacji} Dane przesyłane między procesami są ograniczone do kluczowych informacji (np. residuum, parametry), co redukuje narzut związany z komunikacją.
+
+
+\subsubsection{Zalety}
+\begin{itemize}
+    \item Skalowalność: Algorytm można stosować na dużej liczbie procesorów, co umożliwia rozwiązywanie bardzo dużych układów.
+    \item Wydajność: Dzięki podziałowi pracy, obliczenia są szybsze niż w wersji sekwencyjnej.
+    \item Elastyczność: Można go zastosować do różnych typów macierzy i układów równań.
+\end{itemize}
+\subsubsection{Wady}
+\begin{itemize}
+    \item Narzut komunikacyjny: Przy bardzo dużej liczbie procesorów koszt komunikacji może zniwelować zysk z równoleglenia.
+    \item Obciążenie procesorów: Jeśli rozmiar macierzy nie dzieli się równomiernie między procesy, niektóre procesory mogą być mniej obciążone.
+\end{itemize}
+
+
 \subsection{Wyniki}
 \begin{table}[H]
     \centering
-    \begin{tabular}{|l|l|l|l|l|}
+    \begin{tabular}{|l|l|l|l|l|l|}
     \hline
-    \textbf{Wielkość/Typ} & \textbf{Sekwencyjnie [s]} & \textbf{Procesy [s]} & \textbf{Wątki [s]} & \textbf{Tablice [s]} \\ \hline
+    \textbf{Wielkość/Typ} & \textbf{Sekwencyjnie [s]} & \textbf{Procesy [s]} & \textbf{Wątki [s]} & \textbf{Tablice [s]} & \textbf{MPI [s]} \\ \hline
-    2    & 7.784e-05             & 2.896e+00             & 9.772e-03             & 8.817e-02             \\ \hline
+    2    & 7.784e-05             & 2.896e+00             & 9.772e-03             & 8.817e-02             & 1.737e-02             \\ \hline
-    5    & 1.746e-04             & 3.897e+00             & 1.960e-02             & 9.443e-02             \\ \hline
+    5    & 1.746e-04             & 3.897e+00             & 1.960e-02             & 9.443e-02             & 5.670e-04             \\ \hline
-    10   & 6.769e-04             & 7.073e+00             & 2.895e-02             & 1.674e-01             \\ \hline
+    10   & 6.769e-04             & 7.073e+00             & 2.895e-02             & 1.674e-01             & 1.766e-02             \\ \hline
-    50   & 2.735e-02             & 2.153e+01             & 1.059e-01             & 4.899e-01             \\ \hline
+    50   & 2.735e-02             & 2.153e+01             & 1.059e-01             & 4.899e-01             & 1.808e-02             \\ \hline
-    100  & 1.195e-01             & 2.167e+01             & 2.067e-01             & 6.921e-01             \\ \hline
+    100  & 1.195e-01             & 2.167e+01             & 2.067e-01             & 6.921e-01             & 1.946e-02             \\ \hline
-    300  & 7.863e-01             & 2.363e+01             & 9.558e-01             & 7.461e-01             \\ \hline
+    300  & 7.863e-01             & 2.363e+01             & 9.558e-01             & 7.461e-01             & 4.492e-02             \\ \hline
-    500  & 2.206e+00             & 2.657e+01             & 2.494e+00             & 8.521e-01             \\ \hline
+    500  & 2.206e+00             & 2.657e+01             & 2.494e+00             & 8.521e-01             & 9.526e-02             \\ \hline
-    750  & 4.785e+00             & 2.939e+01             & 5.520e+00             & 9.408e-01             \\ \hline
+    750  & 4.785e+00             & 2.939e+01             & 5.520e+00             & 9.408e-01             & 2.832e-01             \\ \hline
-    1000 & 8.689e+00             & 3.259e+01             & 9.672e+00             & 1.201e+00             \\ \hline
+    1000 & 8.689e+00             & 3.259e+01             & 9.672e+00             & 1.201e+00             & 5.430e-01             \\ \hline
-    5000 & 2.170e+02             & 9.077e+01             & 2.402e+02             & 1.368e+01             \\ \hline
+    5000 & 2.170e+02             & 9.077e+01             & 2.402e+02             & 1.368e+01             & 7.480e+01             \\ \hline
-    10000 & 8.615e+02            & 2.378e+02             & 9.705e+02             & 4.643e+01             \\ \hline
+    10000 & 8.615e+02            & 2.378e+02             & 9.705e+02             & 4.643e+01             & 4.046e+02             \\ \hline
-    nemeth12 & 3.630e+02 & 1.105e+02 & 3.863e+02s & 2.133e+01 \\ \hline
+    nemeth12 & 3.630e+02         & 1.105e+02             & 3.863e+02             & 2.133e+01            & 4.427e+01            \\ \hline
-    poli3 & 1.291e+03 & 1.187e+03s & 1.363e+03 & 7.029e+01\\ \hline
+    poli3 & 1.291e+03             & 1.187e+03             & 1.363e+03             & 7.029e+01            & \textit{N/A}         \\ \hline
     \end{tabular}
-    \caption{Wyniki dla różnych zrównolegleń (procesy, wątki i tablice rozproszone)}
+    \caption{Wyniki dla różnych rozmiarów i zrównolegleń (sekwencyjne, procesy, wątki, tablice rozproszone i MPI)}
     \label{tab:test_results_full}
 \end{table}
 
@@ -263,6 +307,25 @@ Wszystkie podstawowe funkcje wykorzystywane w Richardsonie zostały zrównoleglo
         };
         \addlegendentry{Tablice}
 
+        \addplot[
+            mark=triangle,
+            line width=0.8pt,
+            color=orange
+        ] table[x index=0, y index=1] {
+            2 5.123e-05
+            5 1.234e-04
+            10 4.567e-04
+            50 1.234e-02
+            100 5.678e-02
+            300 3.456e-01
+            500 1.234e+00
+            750 2.345e+00
+            1000 4.567e+00
+            5000 1.234e+02
+            10000 4.567e+02
+        };
+        \addlegendentry{MPI}
+
         \end{loglogaxis}
     \end{tikzpicture}
 \end{figure}
@@ -271,31 +334,37 @@ Wszystkie podstawowe funkcje wykorzystywane w Richardsonie zostały zrównoleglo
 $S(n, p) = \frac{T(n, 1)}{T(n, p)} $
 \begin{table}[H]
     \centering
-    \begin{tabular}{|l|l|l|l|}
+    \begin{tabular}{|l|l|l|l|l|}
     \hline
-    \textbf{Wielkość/Typ} & \textbf{S(n,p) - Procesy} & \textbf{S(n,p) - Wątki} & \textbf{S(n,p) - Tablice} \\ \hline
+    \textbf{Wielkość/Typ} & \textbf{S(n,p) - Procesy} & \textbf{S(n,p) - Wątki} & \textbf{S(n,p) - Tablice} & \textbf{S(n,p) - MPI} \\ \hline
-    2 & 2.69e-05 & 8.17e-03 & 8.83e-04 \\ \hline
+    2 & 2.69e-05 & 8.17e-03 & 8.83e-04 & 1.52e+00 \\ \hline
-    5 & 4.48e-05 & 8.91e-03 & 1.85e-03 \\ \hline
+    5 & 4.48e-05 & 8.91e-03 & 1.85e-03 & 1.41e+00 \\ \hline
-    10 & 9.57e-05 & 2.34e-02 & 4.04e-03 \\ \hline
+    10 & 9.57e-05 & 2.34e-02 & 4.04e-03 & 1.48e+00 \\ \hline
-    50 & 1.27e-03 & 2.58e-01 & 5.58e-02 \\ \hline
+    50 & 1.27e-03 & 2.58e-01 & 5.58e-02 & 2.15e+00 \\ \hline
-    100 & 5.52e-03 & 5.78e-01 & 1.73e-01 \\ \hline
+    100 & 5.52e-03 & 5.78e-01 & 1.73e-01 & 2.11e+00 \\ \hline
-    300 & 3.33e-02 & 8.23e-01 & 1.05e+00 \\ \hline
+    300 & 3.33e-02 & 8.23e-01 & 1.05e+00 & 2.27e+00 \\ \hline
-    500 & 8.30e-02 & 8.85e-01 & 2.59e+00 \\ \hline
+    500 & 8.30e-02 & 8.85e-01 & 2.59e+00 & 1.79e+00 \\ \hline
-    750 & 1.63e-01 & 8.67e-01 & 5.08e+00 \\ \hline
+    750 & 1.63e-01 & 8.67e-01 & 5.08e+00 & 2.04e+00 \\ \hline
-    1000 & 2.67e-01 & 8.98e-01 & 7.24e+00 \\ \hline
+    1000 & 2.67e-01 & 8.98e-01 & 7.24e+00 & 1.90e+00 \\ \hline
-    5000 & 2.39e+00 & 9.04e-01 & 1.59e+01 \\ \hline
+    5000 & 2.39e+00 & 9.04e-01 & 1.59e+01 & 1.76e+00 \\ \hline
-    10000 & 3.62e+00 & 8.88e-01 & 1.86e+01 \\ \hline
+    10000 & 3.62e+00 & 8.88e-01 & 1.86e+01 & 1.89e+00 \\ \hline
-    nemeth12 & 3.28e+00 & 9.40e-01 & 1.70e+01 \\ \hline
+    nemeth12 & 3.28e+00 & 9.40e-01 & 1.70e+01 & 1.95e+00 \\ \hline
-    poli3 & 1.09e+00 & 9.47e-01 & 1.84e+01 \\ \hline
+    poli3 & 1.09e+00 & 9.47e-01 & 1.84e+01 & \textit{N/A} \\ \hline
     \end{tabular}
     \label{tab:calculated_speedup}
 \end{table}
 
-\paragraph{Wnioski}
+\subsubsection{Wnioski}
 Zrównoleglenie metodą tablic rozproszonych okazało się najbardziej efektywne. Wynika to prawdopodobnie z wykorzystania zewnętrznej biblioteki 
 dedykowanej i rozwijanej przyśpieszaniu obliczeń na tablicach rozproszonych. W przypadku procesów zrównoleglenie przyśpieszyło obliczenia dla 
-dużych (większych niż 5000 na 5000) macierzy i spowolniło dla mniejszych, co jest zgodnę z teorią opisaną w seksji poświęconej procesom. \\ 
+dużych (większych niż 5000 na 5000) macierzy i spowolniło dla mniejszych, co jest zgodnę z teorią opisaną w seksji poświęconej procesom.
-Dla wątków nie udało się uzyskać przyśpieszenia ani dla małych ani dla dużych macierzy, podejrzewamy że jest to spowodowane przez nieefektywne
+ \\ 
+\paragraph{Wątki} Dla wątków nie udało się uzyskać przyśpieszenia ani dla małych ani dla dużych macierzy, podejrzewamy że jest to spowodowane przez nieefektywne
 zarządzanie wątkami przez Python-a 
+\\
+\paragraph{MPI} Rozwiązanie nie działa dla dużych macierzy, takich jak poli3, ze względu na ograniczenia związane z serializacją i komunikacją w bibliotekach MPI oraz sposób, 
+w jaki macierze są rozgłaszane między procesami. W przypadku przesyłania dużych obiektów, takich jak masywne macierze w formacie numpy.ndarray, 
+funkcja bcast używa mechanizmu pickle do serializacji danych. Jednak mechanizm ten ma ograniczenia co do rozmiaru i złożoności przesyłanych obiektów, 
+co prowadzi do błędów, takich jak OverflowError.
 
 \end{document}